Peu après être monté en grade, Squall rencontre une jeune femme nommée Linoa Heartilly, dont l'attitude et l'approche envers la vie sont apparemment à l'opposé des siennes. Le SeeD lui confie alors sa première mission : aider cette jeune femme dans sa résistance contre Galbadia, avec l'aide de Zell et de Selphie. Squall y apprend alors qu'une sorcière nommée Edea est le cerveau derrière les attaques de Galbadia. Edea tue bientôt Deling et Galbadia devient une dictature impériale14. Sous les ordres de la Fac de Galbadia et de la B.G.U., Squall et son équipe — à présent rejoints par Quistis et le tireur d'élite de Galbadia, Irvine Kinneas — essaient d'assassiner la sorcière. Malgré une exécution presque parfaite du plan — mis au point par le Major Caraway, père de Linoa et général de l'armée galbadienne — c'est une défaite et l'équipe est emprisonnée. Squall apprend que Seifer a quitté la B.G.U. pour devenir le second d'Edea15.

Après s'être évadée de la prison du désert de Galbadia, l'équipe se sépare en deux groupes, tous les deux contrôlés par le joueur dans deux scénarios différents. Le groupe de Squall stoppe un conflit interne à la B.G.U. incité par Norg, le financeur du SeeD, alors que celui de Selphie ne parvient pas à empêcher le lancement des missiles de Galbadia sur Balamb et Trabia Garden. Cette attaque oblige Squall à transformer la B.G.U. en forteresse mobile via un mécanisme ancien situé dans les sous-sols de la BGU pour éviter les missiles provenant de la Base des Missiles. Cependant la BGU volante est difficilement contrôlable et s'écrase sur les docks d'Horizon, au milieu de l'océan. Alors que Squall négocie avec le maire de la ville, Galbadia l'envahit à la recherche d'une femme nommée Ellone, qui est restée à la B.G.U. jusqu'à récemment.

Tout au long du jeu, Ellone, grâce à un pouvoir spécial — il faut savoir que c'est ce pouvoir qui amène Edea à poursuivre Ellone pour l'enlever — envoie Squall et ses alliés dans une série de flash-back s'étant déroulés dix-sept ans auparavant. Ces flash-back se concentrent sur un homme nommé Laguna et ses deux amis : Kiros et Ward. Laguna, ancien soldat galbadien déserteur, devient le défenseur auto-proclamé de Winhill un petit village de campagne, avant de devenir journaliste pour le Timber Maniacs, puis le président d'Esthar, une superpuissance technologique.

Pendant ce temps, Squall se remet en question et tente de résoudre des conflits personnels16. Cid, le directeur de la B.G.U., le nomme nouveau leader des SeeD17, et son amour pour Linoa grandit. Squall lutte contre ce sentiment et essaie, comme auparavant, de bloquer son affection, par peur de devenir vulnérable. Tout au long du jeu, le joueur voit les sentiments du héros évoluer, lorsqu'il apprend au fur et à mesure du temps l'importance et la nécessité d'autrui et plus particulièrement, d'avoir des "amis".

Alors qu'Edea et Seifer continuent de parcourir le monde à la recherche d'Ellone, la situation se complique plus tard lors d'une visite dans les ruines du Trabia Garden. Squall et ses camarades apprennent qu'ils furent élevés tous ensemble, à l'exception de Linoa, avec Seifer et Ellone dans un orphelinat dirigé par Edea. Ils développèrent par la suite une amnésie, à cause de leur utilisation des Guardian Forces. En outre, ils apprennent aussi qu'Edea est la femme de Cid, et qu'ils ont créé ensemble les Garden ainsi que le SeeD afin de combattre les sorcières démoniaques18.

Plus tard, toutes les forces de la B.G.U. et de l'armée galbadienne (utilisant la Fac de Galbadia à présent mobile), dirigées respectivement par Squall et Seifer, s'engagent dans le conflit. Squall et ses amis infiltrent la Fac de Galbadia et défont tour à tour Seifer et Edea. C'est la victoire de Balamb sur Galbadia, mais le joueur apprend qu'Edea est seulement une marionnette contrôlée par une sorcière plus puissante encore nommée « Ultimecia », qui vit dans le futur et souhaite compresser tous les temps en un seul moment. Cela lui donnerait le pouvoir de toutes les sorcières ayant jamais existé, et c'est pour cette raison qu'elle recherche Ellone19,20. Une bataille contre Edea oblige Ultimecia à transférer ses pouvoirs à Linoa, laissant Edea en vie, mais faisant tomber Linoa dans un profond coma. Squall devient alors obsédé par son réveil et demande de l'aide au docteur Geyser, un scientifique reconnu vivant à Esthar. Cependant, lorsque Linoa se fait soigner dans la station spatiale d'Esthar, Ultimecia prend possession du corps de Linoa et l'utilise pour libérer Adel, une sorcière emprisonnée responsable de la guerre occulte qui s'est déroulée dix-sept ans auparavant. Ultimecia ordonne ensuite à Seifer de réactiver le Lunatic Pandora d'Esthar, créant ainsi une pluie de monstres venus de la lune appelée la « Larme Sélénite ». Cette dernière rapporte la cellule d'Adel de l'espace à la planète, laissant Esthar se faire attaquer par des centaines de monstres21.

Ayant choisi Adel comme dernier hôte, Ultimecia abandonne Linoa dans le vide de l'espace. Squall la sauve, mais ils échouent sur un vaisseau spatial abandonné. Ils l'utilisent pour retourner sur la planète et sont approchés par une délégation d'Esthar qui enferme Linoa par peur de ses dons de sorcière22. Squall et ses compagnons la sauvent et rencontrent finalement Laguna, se révélant être le père adoptif d'Ellone. Un plan est conçu avec le docteur Geyser afin de laisser Ultimecia se servir d'Ellone pour comprimer le temps, ce qui permettra au groupe de l'affronter dans sa propre époque. Avant que la Compression Temporelle ne débute, Squall est forcé de se battre contre Seifer une fois encore et tue Adel avant qu'elle ne parvienne à assimiler Linoa. Utilisant le lien d'amitié qui les unit comme lien avec la réalité, Squall et ses amis s'immunisent eux-mêmes contre les effets de la Compression Temporelle, voyagent jusqu'à l'époque d'Ultimecia et la vainquent23.

Ultimecia battue, l'univers commence à redevenir normal. Squall est presque perdu dans les flux du temps et est témoin des origines de toute l'histoire. Lorsqu'une Ultimecia mourante remonte le temps pour offrir ses pouvoirs à Edea, treize ans dans le passé de Squall, il informe Edea des concepts de Garden et du SeeD qu'elle créera. Après quoi, il est transporté encore plus loin dans le temps et il est incapable de retrouver son chemin vers son présent jusqu'à ce qu'il soit sauvé par Linoa. À la fin du jeu, le SeeD organise un banquet pour célébrer leur victoire, et Squall embrasse Linoa en souriant pour la première fois du jeu. On apprend aussi dans cette cinématique de fin que Laguna se révèle être le père de Squall. On en apprend un peu plus sur le passé de Squall, qui s'est retrouvé à l'orphelinat d'Edea à la suite de la mort de Raine, sa mère et Laguna n'ayant d'autres choix que de placer son fils à cause de sa vie professionnelle trop encombrante.